Las malezas son un problema en los lotes de alfalfa, dificultan la implantación, reducen su producción, su vida útil y su calidad como forraje. Durante el 2012 en el área de influencia de la EEA General Villegas se ha realizado un seguimiento de lotes de productores y las malezas que aparecen como problema de primavera-verano son, pata de gallo (Digitaría sanguinalis), roseta (Cenchrus pauciflorus) y rama negra (Conyza bonariensis).  
Para mantener las alfalfas libres de malezas, es preciso programar un manejo integrado de las mismas, combinando rotación de cultivos, laboreos, control químico y cortes de limpieza. Además es importante que la alfalfa tenga las condiciones de fertilidad adecuadas para una rápida implantación y rebrotes vigorosos durante todo el período de producción.
 
Momentos
 
El control de las malezas tiene dos momentos bien marcados:
n La implantación: este momento es fundamental porque va a determinar el número de plantas con la que comienza el cultivo. Una pastura bien implantada y con crecimiento vigoroso tendrá un buen comportamiento contra las malezas. Una herramienta efectiva para tener en cuenta en este momento de la pastura la representan los herbicidas de presiembra - preemergencia. Entre estos se destaca Flumetsulam, aunque puede no ajustarse a todas las situaciones.
En este momento también es importante destacar las consecuencias de los cultivos protectores sobre la vida de las alfalfas. Estos cultivos, si bien realizan sus aportes, si no son bien manejados, van a competir con la alfalfa y cuando termine su ciclo en el lugar que ocupaban no quedará ninguna planta de alfalfa dando lugar a que desarrollen las malezas. En los casos que se decida sembrar con cultivos protectores se debería sembrar una baja densidad (no superar 15-20 % de lo utilizado como verdeo). El momento de pastorear los mismos es también muy importante, pastoreos muy tempranos pueden dañar a las plántulas de alfalfa porque éstas presentarán un tamaño muy pequeño, y por el contrario pastoreos muy tardíos pueden ocasionar problemas mayores aún, ya que el protector ejercerá una competencia excesiva a la pastura por luz, agua y nutrientes, determinando pérdida de plantas. 
n Pastura en producción: una vez que el cultivo está implantado la pérdida de plantas permite el ingreso de malezas, que dependiendo de su agresividad pueden reducir el rendimiento y la calidad del forraje, ya que la mayoría de las malezas tienen menor calidad y palatabilidad que la alfalfa.
En esta etapa respetar los momentos de pastoreo de la alfalfa es fundamental para mantener una pastura vigorosa que redundará en una buena competencia ante las malezas y alta producción de pasto.
También contamos con herbicidas que se pueden utilizar en esta etapa con el fin de mantener limpias las pasturas. Entre ellos tenemos el Imazetapir y Clorimuron. Otras alternativas son los productos mencionados antes para preemergencia y los de acción por contacto como Bentazón y Bromoxinil, asociados a 2,4-DB sal.
 
Números
 
Para realizar el cálculo de las pérdidas que provoca la presencia de malezas en las pasturas, se tomó como valor de conversión que 1 kg de materia seca de alfalfa produce 0,9 litros de leche y como valor de aprovechamiento de la pastura un 60%. De este modo surge que por cada 1000 kilos de materia seca/ha que se reduce la producción por efecto de las malezas perdemos 600 kg de la misma lo que equivale a 540 litros de leche. Considerando un precio de 1.4 $/l de leche esta pérdida equivale a 756 $/ha.